SMA Negeri 16 Medan memiliki fasilitas sekolah yang terdiri dari:
1. Tanah dan Halaman
Tanah sekolah sepenuhnya milik negara. Luas areal seluruhnya 10.862 m2 dan luas bangunan seluruhnya 7.063 m2. Sekitar sekolah dikelilingi oleh pagar sepanjang 2.500 m2.
2. Gedung dan Sarana Lainnya
Bangunan sekolah pada umumnya dalam kondisi baik. Jumlah ruang kelas untuk menunjang kegiatan belajar memadai. Berikut ini adalah tabel nama-nama bangunan yang terdapat di SMA Negeri 16 Medan: