SMA Negeri 16 Medan didirikan pada tahun 1984 dan dikepalai pertama kali oleh Ibu Dra. Hj Khairiah, semulanya SMA Negeri 16 Medan adalah SMA Negeri 14 Medan tahun 1984 kemudian berubah nama pada tahun 1987 emnjadi SMA Negeri 15 Medan dan tahun 1997 berubah nama menjadi SMA Negeri 16 Medan sampai dengan sekarang. Pada awal berdirinya, lokasi SMA Negeri 16 Medan berada di jalan Kapten Rahmad Buddin Kel. Terjun Kec. Medan Marelan.
Sampai saat ini SMA Negeri 16 Medan masih tetap exis berada di Jalan Kapten Rahmad Buddin Kel. Terjun, Kec. Medan Marelan kota Medan. Perjalanan panjang yang telah diakui SMA Negeri 16 Medan dari awal berdirinya hingga sekarang membuat SMA Negeri 16 Medan benar-benar mampu menjadi sekolah yang matang, sesuai dengan usia dan pengalaman yang telah dilaluinya sehingga mampu melahirkan siswa-siswa yang kelak dikemudian hari menjadi orang-orang yang penting, sukses dan berguna ditengah-tengah masyarakat, negara dan agama. Semua kesuksesan tersebut tidak lepas dari hasil jerih payah segenap guru-guru SMA Negeri 16 Medan yang ikhlas memberikan ilmunya dan mendidik siswa-siswanya sampai sekarang. Berikut ini adalah nama-nama kepala sekolah yang pernah menjabat di SMA Negeri 16 Medan.